致瘤細胞與非致瘤細胞有呼吸功能差異

由于在實驗設計或生物系統應用中，存在著很多設計缺陷，但相應情況下所獲得的結果，比如在關于瓦伯格理論的爭論中，卻也起著推波助瀾的作用。如很多實驗，將某種癌細胞的呼吸與另一種不同來源的癌細胞的呼吸，加以比較，但缺乏非致瘤性、細胞特異性的對照。

還有不少實驗，則比較了培養的腫瘤細胞與腫瘤組織，或是腫瘤切片的細胞呼吸。實際上，更有意義的實驗，應該是在相同體內和體外生長條件下，比較腫瘤細胞與相同組織的非致瘤性細胞。

此外，將腫瘤細胞和正常細胞的呼吸進行比較時，采用更有益于細胞呼吸、而不是糖酵解的培養基，也是很重要的。通常來說，細胞生長于高葡萄糖、且缺少呼吸養分（維生素）的培養基，會導致正常呼吸抑制，因此，可能掩蓋癌細胞與正常細胞之間呼吸差異。

而Burk和Schade等又清晰地指出，正確比較有助于數據解釋。以此，可凸顯致瘤細胞與非致瘤細胞之間的呼吸功能差異，且這些研究人員還指出，不正確的比較，尤其是Weinhouse在人類組織、與小鼠腫瘤之間所做的比較，可能會混淆對數據的解釋。

而Weinhouse在實驗設計方面，犯了很多錯誤，從而模糊了正常細胞與癌細胞之間的呼吸差異。也有專家建議，所有對這一情況感興趣的人，可仔細閱讀Weinhouse對瓦伯格研究的反駁，然后再思考一下Burk和Schade對這些反駁的辯駁。相關研究上，確實存在著重視那些不支持瓦伯格觀點的實驗數據，而對支持的數據，則視而不見。