出國看病 基因測序可避免DNA標記差錯

臨床遺傳學方面，RNA和DNA的研究，及高通量檢測技術的進步，和表觀基因組的研究都得以普遍應用。微陣列已經被傳統地應用于表觀遺傳學變化的探究，鑒于檢測費用負擔得了，以及已建立了成熟的生物信息分析路徑，使其顯得尤其有吸引力。目前，出國看病發展了多種甲基化檢測方法，包括亞硫酸氫鹽轉化、甲基化敏感的限制性酶切消化，和親和層析方法等。

亞硫酸氫鹽轉化方法，是通過用亞硫酸氫鈉處理基因組DNA，使非甲基化的胞嘧啶轉化為尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不會變化。然后，PCR擴增則用胸腺嘧啶替換尿嘧啶，繼而擴增的DNA就能夠用焦磷酸測序法、Sanger測序法或者珠陣列進行分析，為研究甲基化的多態性，基因組DNA要先經亞硫酸氫鹽處理，然后雜交于Illumina珠陣列。出國看病后，處理過的DNA用mumimi珠陣列標記上兩對引物，一條引物標記非甲基化片段，另外一條標記甲基化的片段。

出國看病研究的大樣本中，已知甲基化位點的甲基化多態性是好的。它提供了胞嘧啶甲基化的定量測定。然而，相比于其他陣列技術，它覆蓋范圍比較小，并且在評估和設計不同的標記引物方面，問題更復雜，需要的知識更專業。

所以，若從整個基因組層面獲取信息，則二代測序技術可以用來研究小的或大的基因組。出國看病對于NGS的一個優點，就是可以直接測序，因此可以減輕勞動強度，且避免易出現差錯的PCR擴增和DNA標記，讀取數可以用于甲基化序列含量的測定。不同于以陣列為基礎的技術，NGS技術不需要預知的信息，而且在NGS數據中，也不大可能會出現雜交引起的偏倚。

研究DNA甲基化的另一種技術，為甲基化敏感的限制性內切酶富集（MSRE），樣本首先用一系列的限制性內切酶進行消化，這些酶可以剪切甲基化片段或非甲基化片段。因此，出國看病在PCR擴增之后，富集了還沒有被限制性內切酶剪切的DNA片段。這些被富集的片段，可以使用陣列或者NGS方法分析，甲基化的DNA序列也可以通過親和層析方法進行富集。這種方法是用5-甲基胞嘧啶特異的抗體，標記并免疫沉淀甲基化的DNAm461。與MSRE類似，MeDIP富集的DNA可以用微陣列和NGS方法分析。

出國看病服務機構愛諾美康介紹到，美國提供了含有25bP長度探針的平鋪陣列，這些陣列都是單通道陣列，并且來自一個樣本的DNA雜交于一個陣列。這種類型的陣列有很高的特異性，但敏感性低且噪音高。每一個樣本雜交于一個陣列，標準化后可以在不同的陣列之間進行比較。兩個樣本可以由不同的熒光染料標記，并雜交于相同的陣列。與短的寡核苷酸陣列相比，這些使用長探針的陣列具有更高的敏感性，選擇用哪種陣列都需要考慮。