海外醫(yī)療 測序數(shù)據(jù)的讀取信號有多樣性

海外醫(yī)療研究證實，單個小珠與DNA聚合酶、引物和反應(yīng)所需其他酶一起，被轉(zhuǎn)移到鉻尖晶石板的一個孔里，以進行焦磷酸測序。在這個焦磷酸測序過程中，對釋放的焦磷酸鹽通過pyrogram或酶發(fā)光技術(shù)做焦磷酸檢測法。該檢測法與正確的核苷酸順序相對應(yīng)，由于化學(xué)發(fā)光信號的強度，正好等于釋放的焦磷酸量。

因此，均聚序列延伸長度的錯誤估計，容易導(dǎo)致?lián)饺氲膲A基數(shù)，及焦磷酸測序方法出錯。海外醫(yī)療服務(wù)機構(gòu)愛諾美康介紹到，一種隱秘的馬爾可夫模型（HMM），提出可以對此類錯誤進行明確辨識和統(tǒng)計學(xué)分析，該分析方法被稱為Py-roHMMsnp。

基于貝葉斯方法，并根據(jù)誤差模型重新對讀取的序列進行測序，從而推斷潛在基因型的SNP調(diào)用程序。目前，先進的由羅氏應(yīng)用科學(xué)部，與GS FLX鈦系統(tǒng)銷售的平臺，能夠在23小時的運行周期內(nèi)，生成700個堿基對讀長的共計高達700Mb的堿基序列，其過濾后的精度可達99.9%。

盡管在海外醫(yī)療的理論上，認為測序數(shù)據(jù)的讀取，與摻入的堿基數(shù)量成正比，但事實上產(chǎn)生的信號多種多樣，從而產(chǎn)生諸如過度調(diào)用和調(diào)用不足的錯誤翻譯。這些過度調(diào)用和調(diào)用不足，往往表現(xiàn)為插入和缺失的錯誤，從而導(dǎo)致測序結(jié)果的誤差。

二代測序技術(shù)將單個DNA分子的克隆擴增，與循環(huán)合成測序方法相結(jié)合開發(fā)的。Illumina公司推動了從臺式MiSeq測序儀，到局通量HiSeq 2500測序儀的許多測序儀器的商業(yè)化。第一個測序儀是繼羅氏454上市之后，Solexa于2007年推出的（GA），目前在海外醫(yī)療的測序技術(shù)市場上占據(jù)主導(dǎo)地位。

由固定的適配器庫變性，到單鏈并轉(zhuǎn)移到流動池，接著擴増 以產(chǎn)生1億~2億空間分離模板簇。這些自由端模板，可以雜交相鄰的通用測序引物（等溫擴增橋），以形成集群，并啟動NGS反應(yīng)。海外醫(yī)療在測序之前，文庫在裂解酶的幫助下變性成單鏈。從配有不同切割熒光染料和終止子抑制基的4個核苷酸（ddATP、ddGTP、ddCTP、ddTTP）中，DNA聚合酶結(jié)合到引物的模板增加了一個只有熒光標記的核苷酸，它表示與模板堿基的互補，以確定摻入的核苷酸的身份。