肺癌治療 靶向基因改變時不能延伸測序

通常，多重基因突變法，由多重PCR和一個單堿基延伸測序反應組成，后者中等位基因特異性探針，由雙脫氧核苷酸（ddNTP）熒光標記，用以檢測基因組中感興趣的位點。每個探針上不同延伸長度的引物，通過電泳和自動DNA測序進行分辨。肺癌轉診治療機構愛諾美康介紹，一旦片段大小確定下來，就可以通過探針的分子量和ddNTP突光標記的顏色，判別每個位置特定的核苷酸。

總體而言，對于現今的分子病理學實驗室，這一相對簡單的方法有幾個明顯的優勢：大多數現代臨床實驗室，已經擁有所需要的專業知識和基礎設施，無需再投人成千上萬美元購置高科技儀器；肺癌轉診治療用該方法是高度敏感的，可以很好地用FFPE組織中提取的核酸完成實驗；由于SNaPshot技術的多重性特征，組織要求以及成本都很低；這個系統是模塊化的，可以納入更多的反應分子預測物。

肺癌轉診治療機構愛諾美康介紹，在當前的配置中，斯坦福大學分子病理學實驗室 的基因分型平臺“癌癥體細胞突變組合"（CSMP），由SNaPshot、片段大小檢測和Sanger測序組成，檢測16個關鍵癌癥基因中超過140個常見突變位點。CSMP包括9個SNaPshot組合，每個都具有6~8個多重檢測以測定單核苷酸改變。

由于SNaPshot技術的一個缺點是，只能檢測單核苷酸變化，而不能檢測更大的基因組插入缺失，因此增加了一個單獨的毛細管電泳片段分析，以檢測多種常見長度的突變。肺癌轉診治療機構愛諾美康介紹，SNaPshot技術的第二個缺陷是，當靶基因中含有大量臨床相關的核酸改變時，在常規癌癥診斷中，就不能采用SNaPshot單堿基延伸靶向測序。

這樣的一個例子是RNA剪接亞基基因，其在15號外顯子具有多個熱突變位點。因此，我們開發出了一種SangerDNA測序，靶向測定15號外顯子，并且作為CSMP的一部分，肺癌轉診治療可應用于所有的樣本。

初，斯坦福實驗室的CSMP涵蓋了FDA批準的臨床治療靶點，或臨床實驗正在進行的治療靶點。但是，肺癌轉診治療利用該平臺的靈活性，把醫學文獻報道的、經臨床證實后的新基因突變在幾個月內添加到組合中。

肺癌轉診治療機構愛諾美康介紹，基因就是這樣一個例子，重要的是，雖然CSMP中包含的突變可用于指導臨床決策，但這些突變的完整臨床意義仍在不斷擴展中。因此，與經治醫師討論癌癥基因譜檢測中的多種靶點，及其臨床中的意義，是一個實驗室長期應有的責任。