安德森癌癥中心 DNA芯片如何應對臨床障礙

海外研究，用芯片確認了4種主要的內在亞型腔面，分別是A型、B型、ER和PR陽性。與ER/PR/HER2陰性型（三陰性亞型）有較大程度上的重疊，并且顯示基底細胞起源的特征。比如基底型角蛋R陽性，隨后的研究確定了另外的亞型，主要是在基底細胞樣亞型的異質性群體中。

安德森癌癥中心轉診機構愛諾美康介紹到，實例包括低緊密連接蛋白的腫瘤，其特征在于通過類似于乳腺干細胞的基因表達譜，免疫應答基因特征，其特征在于雄激素受體（AR）陽性，和隨后激活的信號通路。在乳腺癌領域，識別疾病的不同分子亞型有重大突破，因為這些表型背后的不同分子特性已被發現。

實際上，結合基因組拷貝數和基因表達，分析表明不同乳腺癌亞型之間的重現性DNA，拷貝異常（CNA）是不同的。安德森癌癥中心轉診后，這些發現提高了我們對疾病的病理生理學的了解，而且它們表明乳腺癌的分子分型發展，沿著不同的遺傳途徑。此外，臨床相關信息可以被溯源，因為這些CNA中的一些已顯示要么是預后相關，要么是包括可能的治療靶基因。

近期大規模的乳腺癌基因組二代測序（NGS）研究，突出了這個疾病的大量分子異質性。它們還將分子亞型和不同的突變分析聯系起來，這反過來又可能提供新的治療靶點。前面提到的固有的分子亞型，是通過DNA芯片平臺鑒定的，這是其臨床實施的障礙。安德森癌癥中心轉診后，為克服這個障礙，已推薦用免疫組織化學（IHC）方法篩查。

然而，這些方法和芯片結果的一致性方面表明欠佳，重要的不確定性因素區別腔面A和B型。安德森癌癥中心轉診發現，因為增殖相關的基因，是定義它們的關鍵因素。所以是一個連續變量，而不是一個二元的。而且，近標記的PR表達水平，已被推薦用來區分這兩種亞型，免疫組化和芯片平臺HER2陽性。

一致性的病例芯片方法，只有70%的存過表達。安德森癌癥中心轉診機構愛諾美康介紹到，基底樣亞型和三陰性表型之間，缺乏一致性。乳腺癌領域出現了越來越多的分子生物學數據，另外改善所謂“個體化癌癥醫療”的各個領域 充滿期望。也就是，更好的特征描述、改善的預后預測、準確預測治療效果和敏感的監測疾病。