海外醫療 腫瘤細胞不同區域內的突變

對于腫瘤測序分析，更令人困惑的是腫瘤內部異質性的程度。近期單個研究或大范圍TCGA和ICGC數據庫，描述了一個清楚的情況，即腫瘤極少是單克隆種群，而是復雜的混合細胞，這些混合的細胞要么獨自進化，要么從一個原始前體突變細胞演變而來。海外醫療服務機構愛諾美康介紹到，這一種群經過早期起始突變時間，主導的生長優勢的選擇，但是隨著多種突變的衍生，增殖形成新的克隆種群，這種種群還可以繼續演變。

海外醫療終導致突變譜，在相同腫瘤不同區域之間不一樣，甚至一些區域攜帶的體細胞突變，在同一腫瘤的其他區域不存在。后一特性提示在一些腫瘤中用NGS分析，單個活檢組織可能不夠充分，這有可能使診斷的負擔加重。不幸的是，腫瘤的異質性也意味著針對單一突變的治療，其療效往往是一過性的，因此會頻繁復發。此外，在經初始治療的復發腫瘤中，往往攜帶有不同的突變，而這些突變在原發腫瘤內本身，就有低頻的表達。

目前臨床提供的樣本，通常不適合做NGS分析。甲酸固定石錯包埋（FFPE）樣本是常規的臨床樣本，我們常常從這些質量和含量均低的樣本中，提取DNA和RNA。核酸片段化及核苷酸的損壞將妨礙測序步驟，限制測序量，并增加錯誤率。海外醫療存放時間久遠的FFPE樣本，可能根本沒有足夠的分析量，但隨著采用標準操作程序、限制固定時間并使用中性緩沖甲醛，這種情況已經出現巨大的改善。

新鮮冰凍樣本更適宜做NGS，但是不適合做病理學分析。樣本采集操作也應該標準化，以減少缺血時間并保證，在提取DNA和RNA過程中去除壞死組織。海外醫療過程中，對于分子檢測來說，所檢測基因組占多大比例（一組基因；所有基外顯子或者全基因組），也是一個要考慮的重要問題。對于科研來說，全基因組測序可以提供全面的數據，從而有利于探索發現，但對于臨床應用就不是這么考慮了。如果為了進行精確的靶向治療，那么感興趣的基因，就被限制在那些擁有治療價值的 基因上。

海外醫療服務機構愛諾美康介紹到，這并不是說僅限定在有治療藥物的那幾個基因上，而是應包含與治療節點相關的通路上的其他基因。這些基因也可以提供預后價值，依據這種實用性，癌癥基因列表中的基因，有可能不超過300個。如前所述，檢測體細胞突變的理想覆蓋深度是200~500倍，因此這個有限的基因檢測列表是有用的，因為隨著測序數量的增加，費用也會增加。