淋巴瘤治療由于氧化會對核酸質量造成影響

其他常見的腫瘤分子診斷，常用樣本類型還有冰凍組織，及福爾馬林固定的組織，后者可能裝在福爾馬林瓶中或包埋成蠟塊。淋巴瘤轉診治療后，比較這3種類型樣本提取DNA的質量發現，冰凍組織即使在保存了很長時間（20年）后，依然可以提取出高質量的DNA。

如果樣本用福爾馬林固定6周以內包埋成蠟塊，所提取的DNA質量和產量也可接受；福爾馬林更長時間保存，則DNA質量和產量都是差的。福爾馬林固定是病理學家處理標本首選的方法，因為，其可以通過大分子交聯有效地保存原有細胞結構，便于顯微鏡下觀察。然而，福爾馬林卻也可以造成DNA的變性，及DNA和RNA的破壞。淋巴瘤轉診治療機制有很多，包括蛋白核酸交聯導致的DNA及RNA片段化、核苷酸的化學修飾（堿基上添加羥甲基基團）、脫嘌呤作用，及產生某些不可逆的改變。

淋巴瘤轉診治療機構愛諾美康介紹，FFPE樣本里，提取到的核酸的質和量是大打折扣的，而且固定過程往往會造成低濃度的高度斷裂的DNA/RNA（典型的是200bp左右片段），其可能含有患者腫瘤組織中不正確的核酸序列，導致終檢測結果不真實。

為克服福爾馬林的局限性，律議修改福爾馬林固定流程。例如核酸產量偏低主要歸因于蛋白核酸交聯，及隨后提取過程中核酸的捕獲，可通過延長蛋白酶K消化時間至超過16h來改善，而不影響核酸的質量。福爾馬林固定過程中的pH，偏酸性的固定液可以導致DNA降解，因此采用中性pH的固定緩沖液可以減少DNA降解。

已證實，磷酸鹽緩沖液的福爾馬林溶液，可以達到理想的固定效果和更好的RNA質量。淋巴瘤轉診治療由于氧化作用，在石蠟中長時間儲存也會對核酸質量造成影響，因此儲存時間要盡可能縮短。定量RNA檢測單個基因表達或全轉錄組分析，在腫瘤分子領域日趨流行。但正如上文所介紹的，福爾馬林對DNA造成的有害影響，同樣也會影響RNA。

因此，人們對利用FFPE樣本進行RNA相關檢測持懷疑態度。其主要問題是RNA上核苷酸的化學修飾，特別是mRNA的poly-A尾端的腺嘌呤核苷酸，會干擾后續的PCR反應，因為修飾后的腺嘌呤會降低離液劑。淋巴瘤轉診治療后，進行RNA抽提的效率，而且還會降低 以oligo-dT做引物時逆轉錄的效率。

一些針對性的措施則可以避免這種情況，進而增加提取和逆轉錄的效率，如逆轉錄過程中使用隨機引物法替代oligo-dT，使用蛋白酶K替代離液劑以逆轉蛋白，與RNA間的交聯以及采用70T，無福爾馬林的緩沖液孵育RNA等。淋巴瘤轉診治療機構愛諾美康介紹，因此，理解了福爾馬林固定的局限性，并對固定和抽提方法做些改進，即可使提取的RNA質量達到實時定量PCR法，及基因表達芯片檢測的要求。