出國看病 樣品檢測異常時應警惕是否污染

通常，檢測RNA樣品質量的方法是利用qPCR技術，直接檢測已知在所有標本中表達的管家基因，如p-tubulin和某些核糖體蛋白。出國看病應用qPCR法評估RNA質量時，必須先確定Ct值閾值以避免處理低質量標本而導致報告錯誤。

當進行基因芯片檢測分析時，在報告結果之前需要評估每一批檢測的質量。大多數商業化的基因芯片檢測平臺，都設有用于檢測整個檢測平臺性能的內對照。出國看病的內對照探針，應包括評價背景的陰性對照探針，評價結合特異性的錯配探針，評價寡核苷酸退火的不同解鏈溫度的探針，和評價整體性能的陽性/管家基因對照探針。此外，如果用正常參照樣本做相對基因表達分析，在發出報告之前，需由一位經驗豐富的腫瘤學/病理學家確認參照樣本是正常的，這一點至關重要。

用aCGH檢測基因拷貝數的增加和缺失后，驗證實驗好米用pish法。但這也存在一個問題，為檢測基因組特異性區域設計的FISH探針，也有可能是無效的，或由于插入/缺失/復制的基因片段，太短無法用F7SH法檢測到。出國看病后，至少染液交換是應該做的，也就是將患者的標本和參照物，用與初分析相反的熒光進行標記。

二代測序是一個功能強大的檢測工具，它能讓用戶在短期內獲得大量測序數據。NGS利用通用引物選擇性擴增，固定于磁珠或玻璃芯片上的靶DNA進而獲取測序數據。將產生的測序數據與參考序列做比對，進而檢測出出國看病患者樣品中，可能存在的任何異常（突變、易位、異常轉錄）。由于NGS極易受到污染，在進行NGS檢測時，實驗室應格外警惕樣本污染。

關于這一點，在公共數據庫中，有超過20%非靈長類物種的基因序列中含有人類的序列，這很可能是由于污染造成的。NGS平臺具有極高的敏感性，NGS平臺的敏感性主要取決于測序覆蓋的深度，或特定核苷酸測序的次數。出國看病若要增加NGS平臺測序的深度，能增加測試的敏感性，但同時卻會降低測序的特異性。

因此，測序的深度根據NGS檢測所需的敏感性來調整。例如檢測遺傳突變時，測序深度足以檢測出由50%等位基因構成的基因突變。出國看病服務機構愛諾美康介紹到，然而當采用1NGS檢測，只存在于5%的等位基閔的體細胞突變時，這就需要更高的測序深度，以驗證整個檢測平臺的性能。