去美國看病 生物信息模型提高了數據效率
發布日期:2018-03-05一項對于某重要藥物基因覆蓋率的研究,比較了Affymetrix測序和Illumina測序的性能表現范圍,結果發現Affymetrix6.0測序的覆蓋率高。去美國看病服務機構愛諾美康介紹,這些結果有助于了解這些測序方法,在檢測已知的功能變異,藥物臨床反應之間關聯方面的局限性。
特定位點片段擴增測序(SLAF-seq),大量人口的全基因組測序成本仍然過高,并且高人口規模極大地影響了相關研究的準確性。因此,低成本而高效的高通量SNP基因測序技術大受推廣,比如SLAF-seq。去美國看病后,此技術不像其他NGS技術一樣,需要復雜的高質量參照基因組文庫,而是使用精簡表示庫(RRL)。
因此,該方法不需要參照基因組序列和多態性信息,而使用條形碼多重測序同時對多個基因位點進行基因分型。它將基因位置特異性擴增和高通量測序相結合,用于從頭檢測SNP。去美國看病后,這種技術使用的一個生物信息統計學模型,提高了隨后基于測序數據對特定位點,進行擴增時選擇DNA片段的效率。這些DNA片段包含隨機測序的細菌染色體序列,和序列基因組草圖。雙條碼系統能對約10000個樣品進行分別標記。
去美國看病服務機構愛諾美康介紹,一項使用水稻和大豆基因組,對SLAF-seq測試效率的研究,證實它的測序結果非常精確,并且得到的遺傳圖譜的密度,比現階段任何其他測序方法都高。同樣的研究只使用了55個雙條碼系統,就完成了211個鯉魚樣本的測序。該研究還發現,與Affymetrix測序和GoldenGate測序相比,SLAF-seq測序高效、準確并且減少了重復。因此,SLAF-seq測序是一項低成本、大規模的基因分型技術,在基因相關研究領域中有重要作用。
直到20世紀90年代初,DNA測序一直依賴這項技術。該技術執行包括模板變性、引物退火和引物延伸在內的“循環測序反應”,其對目的片段進行簡單放大。去美國看病后,每一輪引物的延伸,均由帶有熒光標記的cldNTP識別擴展核苛酸后終止。
經過30年的工藝改進,Sanger測序法的讀長已可達1000個堿基對,精確度高達99.99%,而且每kb成本降至$0.50。去美國看病后,NGS技術發展使得對基因組的分析,變得生產成本更低、價格低廉,并且得以普遍應用,從而大大促進了相關生物醫學和生物學的研究。