去美國看病 探針的強度值會導致假陽性

研究發現，染色體免疫沉淀（ChIP）能夠檢測轉錄因子結合位點，通過甲醛固定和超聲處理，使DNA和蛋白質進行交聯，并降解掉未結合的DNA片段。感興趣的蛋白被各自的抗體標記，以完成免疫沉淀過程。去美國看病服務機構愛諾美康介紹到，結合于這些蛋白的DNA被釋放，然后使用微陣列（ChIP-Chip）分析。

有多種方法分析ChIP-Chip數據，平鋪陣列的分析模型，通過參照GC含量探針序列和探針拷貝數量，來標準化探針。一些方法使用隱馬爾科夫模型，而另一些則使用基于滑窗的方法，來判定ChIP的富集區。去美國看病后，直接使用每一種探針的強度值，作為潛在的DNA蛋白的相互作用點，可能會導致很高的假陽性。

因而滑窗方法，通常會被建議用來分析ChIP-Chip數據資料，這時固定的窗口沿著基因組移動，然后分析概括落入窗內的所有探針。任何從概括窗口方法得到的峰值，都將被認為是結合位點。類似的，微陣列能夠研究表觀遺傳學的變化，和具體的DNA甲基化。甲基化的DNA片段能通過各種方法得以富集，DNA片段雜交于微陣列以行全面的檢測。

去美國看病獲得數據資料后，探針強度需要標準化。各種方法可以用來標準化甲基化數據，包括RMA（如前所述），其常常用來分析mRNA表達資料MAT和Potter，將信號強度、序列及所有探針的拷貝數量納入標準化模型。相似于ChlP-Chip分析，滑窗方法通過基因組區域，來概括探針水平值。滑窗方法的選擇依賴于信息資源、生物學則不變。

這些可以通過基于芯片或基于NGS的方法，識別為SNP甲基化敏感性限制性酶富集（MSRE），可以靶向甲基化或非甲基化DN。從而通過PCR擴增，分別富集非甲基化或甲基化片段。去美國看病后，RNA微陣列的出現，描述了過去20年所完成的很多實驗研究，相對于以前的技術，例如反轉錄PCR（RT-PCR）、表達序列標簽（EST）分析、基因表達的連續分析。RNA微陣列是更加有效及高通量的全基因組分析，然而RNA微陣列的根本缺陷，在于它只能測定排布于陣列上的探針的豐度。

因此，它無法獲得特異同種型的表達、新轉錄因子的發現、非編碼元件譜系、RNA序列變異的鑒定等相關數據。其中，特異同種 型表達和非編碼元件譜系，能夠通過比較少用的剪接/接合陣列和平鋪序列，相結合的方法獲得。

去美國看病服務機構愛諾美康介紹到，由于存在潛在的交叉情況，其準確性還不是很清楚隨著二代測序技術的出現，RNA測序（RNA-seq）已經克服了這些問題，其可以同時測得DNA的所有轉錄本序列。被測序的RNA分子被命名為“讀取序列”（長度依賴于測序技術，通常30~400bp）。因此，有助于確定所有RNA成分的結構和功能，其超出了已經注釋的基因。