淋巴瘤治療上對(duì)關(guān)鍵位點(diǎn)的分析及決策

越來(lái)越多的情況下，直接檢測(cè)潛在的核苷酸改變，可以提供特定的治療方案。確定DNA發(fā)生改變的臨床標(biāo)準(zhǔn)方法，是用Sanger測(cè)序法檢測(cè)包含感興趣位點(diǎn)的PCR產(chǎn)物，來(lái)測(cè)定特定突變。淋巴瘤轉(zhuǎn)診后，這是一種高度穩(wěn)定和準(zhǔn)確的靶核苷酸序列檢測(cè)方法。

然而，Sangei測(cè)序法僅能夠檢測(cè)一個(gè)DNA樣品中，大于20%的突變。以毛細(xì)管為基礎(chǔ)的測(cè)序技術(shù)，產(chǎn)生了高度精確的第一條人類基因組參考序列。測(cè)定第一條人類基因組花費(fèi)了數(shù)千人的努力，13年的時(shí)間和將近10億美元的經(jīng)費(fèi)。淋巴瘤轉(zhuǎn)診治療機(jī)構(gòu)愛諾美康介紹，雖然Sanger法很適合分析少量的關(guān)鍵位點(diǎn)，并用于指導(dǎo)治療決策，但Sanger法毛細(xì)管技術(shù)不能及時(shí)大規(guī)模檢測(cè)分析，很多興趣位點(diǎn)或者快速地進(jìn)行全基因組分析。

幸運(yùn)的是，近的8年時(shí)間里，DNA和RNA測(cè)序方法和設(shè)備飛速進(jìn)展，使用現(xiàn)在的儀器只需要非常少的技術(shù)人員和數(shù)天時(shí)間，就可測(cè)得整個(gè)人類基因組。這些二代測(cè)序平臺(tái)持續(xù)進(jìn)展，均具有同時(shí)產(chǎn)生海量數(shù)據(jù)的能力。一些優(yōu)秀的關(guān)于二代測(cè)序進(jìn)展基本化學(xué)技術(shù)，及實(shí)施策略的文章已經(jīng)發(fā)表。淋巴瘤轉(zhuǎn)診治療后，相比傳統(tǒng)Sanger法毛細(xì)管電泳法，新的NGS平臺(tái)的特點(diǎn)是單個(gè)序列讀長(zhǎng)短，但是數(shù)據(jù)沒有明顯差距。

此外，單個(gè)序列讀出的錯(cuò)誤率高于以前的平臺(tái)。盡管如此，由于二代測(cè)序可產(chǎn)生海量精準(zhǔn)的序列，從而預(yù)示著癌癥基因組的研究，進(jìn)入了新紀(jì)元，這使得檢測(cè)一個(gè)腫瘤全部基因變化成為可能。淋巴瘤轉(zhuǎn)診治療后，類似這樣的項(xiàng)目，如癌癥基因組圖譜項(xiàng)目，和國(guó)際癌癥基因組聯(lián)合項(xiàng)目，正在進(jìn)行數(shù)百個(gè)腫瘤全基因組測(cè)序。覆蓋了多種不同的腫瘤類型，并且將結(jié)果提交至可從因特網(wǎng)調(diào)閱的公共資源庫(kù)。

這些淋巴瘤轉(zhuǎn)診治的豐富數(shù)據(jù)，將揭示癌癥具有潛在的治療價(jià)值的新機(jī)制。近期，有研究從30個(gè)不同的腫瘤類型，在超過(guò)7000例原發(fā)腫瘤中發(fā)現(xiàn)了近500萬(wàn)個(gè)突變。從配對(duì)的正常組織DNA，確定了這些突變都是體細(xì)胞性的。

在這些樣本中，每百萬(wàn)基因組堿基含突變體細(xì)胞0.001~400個(gè)不等，而大部分腫瘤每百萬(wàn)堿基攜帶0.5~100個(gè)突變體細(xì)胞。與長(zhǎng)期暴露于誘變劑中有關(guān)的癌癥，例如肺癌患者（吸煙）或者黑色素瘤患者（紫外線照射），其突變頻率高。淋巴瘤轉(zhuǎn)診治療機(jī)構(gòu)愛諾美康介紹，該研究鑒定了21種基因突變特征，其可能與導(dǎo)致腫瘤發(fā)生的不同潛在突變過(guò)程有關(guān)。