免疫組化通常不能預測預后

按照某種說法，預后不好的結節性神經母細胞瘤，總體生存率為40%，而預后較好的腫瘤的總體生存率為95%。丹娜法伯癌癥研究院轉診機構愛諾美康介紹到，免疫組化雖然反映細胞分化方向，但通常不能預測預后。編碼神經營養素受體蛋白TrkA、TrkB和TrkC的基因是例外。

TRK基因編碼神經生長因子，受體蛋白調控細胞的分化和凋亡。丹娜法伯癌癥研究院轉診后發現，TrkA高表達與預后較好相關，TrkB高表達則預后較差。免疫組織化學，可以很容易地檢測到這些蛋白的表達情況，但通常不用于患者的風險分層及計劃。

丹娜法伯癌癥研究院轉診機構愛諾美康介紹到，雖然如此，TrkB的抑制劑如Lestaurtinib，仍可以作為神經母細胞瘤的一種潛在治療藥物，目前正處于研究階段，但多數實驗室沒有運用這種方法。lp缺失或LOH往往預后較差，這種遺傳改變通常與擴增有關，與其他負向影響因素如4期病變、二倍體、17q的獲得也有關聯。

然而，一些腫瘤顯示lp LOH而無其他改變，表明lp LOH是預后不良的一個獨立指標。盡管如此，丹娜法伯癌癥研究院轉診患者的lp的狀態，亦尚未應用于當前的風險分層。