腫瘤細(xì)胞可能存在一定結(jié)構(gòu)重排

一項(xiàng)病理試驗(yàn)表明，初用芥子奎吖因檢測(cè)染色體異常，該染料可以對(duì)人類染色體區(qū)別地進(jìn)行染色。從那時(shí)起出現(xiàn)了很多技術(shù)，從而對(duì)癌基因組分析進(jìn)行了更全面的揭示。而依賴于腫瘤基因組DNA探針雜交的方法，開(kāi)始于原位或染色體特異探針的焚光原位雜交（FISH），它可以進(jìn)行數(shù)目和結(jié)構(gòu)畸變的全基因組評(píng)估。

在某些條件下，至少可以利用多色FISH，進(jìn)行中期染色體的分析。由此，比較基因組雜交和微陣列型式，使得全基因組檢測(cè)和基因組拷貝數(shù)的變化制圖，變得尤為可行；今天一些CGH的微陣列型式，也使等位基因特異性分析可行。

基于染色體的細(xì)胞遺傳學(xué)分析，通常限制在5MbP的分辨率，而現(xiàn)在的CGH微陣列技術(shù)高分辨率信息，其結(jié)構(gòu)改變的分辨率，只達(dá)到細(xì)胞遺傳學(xué)的水平。此外，將基因組中拷貝數(shù)的變化，和結(jié)構(gòu)的改變聯(lián)系起來(lái)并不容易；如今基于DNA測(cè)序的方法，可克服這些限制。

通常的方法是，由一個(gè)已知長(zhǎng)度的DNA兩端產(chǎn)生DNA序列，并將這些DNA序列繪制到一個(gè)正常表達(dá)的基因組。依據(jù)正常基因組，提供的拷貝數(shù)的信息，來(lái)顯示已繪制的閱讀框的頻率，與CGH的方法類似；盡管當(dāng)這個(gè)序列的兩端，不定位于同一染色體或中間，當(dāng)其中存在無(wú)法預(yù)料的距離時(shí)，序列的繪制會(huì)出現(xiàn)結(jié)構(gòu)的畸變。

該情況使得結(jié)構(gòu)畸變，直接與拷貝數(shù)改變相聯(lián)系；且第一代技術(shù)的細(xì)菌人工染色體（BACs）的末端序列，及測(cè)序譜信息量也非常豐富。來(lái)自Stratton Group的數(shù)據(jù)顯示了，一個(gè)單一腫瘤細(xì)胞系中的拷貝數(shù)譜，和觀察到的存在結(jié)構(gòu)重排；其大規(guī)模平行測(cè)序，將使這項(xiàng)技術(shù)取代微陣列技術(shù)及重排。